En diciembre de 1994 se sancionó la Ley 8453, mediante la cual se implementó el escalafón para el personal del CEPROCOR. El escalafón contemplaba dos agrupamientos especializados: la Carrera de Investigador Científico y Tecnológico y la Carrera de Personal de Apoyo a la Investigación y Desarrollo. 

Con la sanción de la Ley, la compra de los primeros instrumentales de vanguardia y una estructura para incorporar a los científicos, quedaron constituidos los primeros nueve laboratorios: Aguas, Alimentos, Medicamentos, Pesticidas, Biotecnología, Biología Molecular, Espectroscopía, Estudios Físicos y Química Fina.

Con el correr de los años, se fueron adquiriendo y ubicando los primeros equipos e instrumentales en la sede actual del Ministerio de Ciencia y Tecnología, en Barrio Juniors. Luego, la mayoría de ellos fueron trasladados al complejo hospitalario en Santa Maria de Punilla, donde se decidió instalar definitivamente el Centro, tras su inauguración el 21 de octubre de 1997. 

En 1999 el área de Ciencia y Tecnología de la provincia comienza a ser gestionada por la Agencia Córdoba Ciencia Sociedad del Estado (ACC S.E.) bajo cuya órbita se encontraba el CEPROCOR, esta vez como unidad ejecutora. 

Durante este período, los vínculos comerciales del CEPROCOR se incrementaron en un 400% con un crecimiento anual sostenido. Se mantuvieron convenios de servicios con el sector privado y público, y se realizaron transferencias de tecnología fundamentalmente a empresas privadas nacionales e internacionales.

El CEPROCOR mantenía más de 13 líneas de investigación en marcha y varios desarrollos realizados para la industria farmacéutica, la industria de reactivos diagnósticos, industria agroquímica, química, alimenticia, productos veterinarios, biocombustibles y curtiembre. Además, se destacaron servicios de control de calidad de alimentos, genética forense, plaguicidas y contaminantes ambientales, control de calidad del agua y control de medicamentos y productos biomédicos. 

En 2003 se implementó el Sistema de Gestión de la Calidad. Se certificaron normas generales como la ISO ISO 9001/2000 y específicas para los laboratorios: la Norma ISO 17027, siendo una institución pionera en lograr tales certificaciones que acreditaban su competencia técnica.

Con la llegada de la gestión del Cr. Juan Schiaretti a la gobernación de la Provincia de Córdoba (2008), el sistema científico tecnológico celebró la noticia de que el área de ciencia y tecnología sería promovida al rango de Ministerio. 

El Ejecutivo envió un proyecto de Ley a la Legislatura y en 2009 se crea por Ley nuevamente el CEPROCOR, como ente autárquico. La Ley 9717 es la que aún rige el marco jurídico en el que se desenvuelve el Centro. 

En 2010 se sancionó la Ley 9876 que definió un nuevo escalafón para el personal que realice tareas de investigación, desarrollo e innovación en la Provincia de Córdoba y se derogó el anterior (contemplado en la Ley 8453). De esta manera, se armonizaron las condiciones de todo el personal en un único marco laboral.

Con una partida presupuestaria destinada al Ceprocor se fueron adquiriendo los primeros equipos e instrumentales. Eran equipos de punta y muy sofisticados. En ese momento, no había institución que tuviera el nivel de equipamiento que tenía el Ceprocor. 

Durante este período se trabajó en la adquisición de equipos para expandir los servicios y desarrollos de la institución. La incorporación de instrumental de alta precisión permitió robustecer los resultados y reducir los costos de las investigaciones. Además se pudo seguir avanzando con el fortalecimiento de la infraestructura para proyectos estratégicos, entre ellos se destacan el CEPROFARM y el CEPROMAT. 

En 2015, el proyecto CEPROFARM nace con el objetivo de establecer una planta piloto/productiva como proveedor de servicios de escalado y validación para la industria farmoquímica, contribuir en la oferta de medicamentos e insumos de alta generación y aportar soluciones innovadoras a problemáticas terapéuticas de escasa accesibilidad a la población. 

En 2017, el proyecto CEPROMAT se origina con el fin de desarrollar y ofrecer materiales de referencia (MR) y sustancias de referencia (SR) orgánicas e inorgánicas de interés industrial, comercial, sanitario y/o legal; trazables a patrones internacionales.

Desde la inauguración de los edificios en Santa María de Punilla en 1997, ningún gobernador había visitado nuevamente la institución. En ocasión de una importante inversión provincial al CEPROCOR y la refuncionalización de sus laboratorios, el Gobernador Juan Schiaretti visitó las instalaciones a comienzos del año 2019. 

“El CEPROCOR es uno de los orgullos de Córdoba, que da garantía de la calidad alimentaria y del agua… Cuando se dice ‘lo certificó el CEPROCOR’, todo el mundo se queda tranquilo. Eso sin duda es un mérito de los investigadores y las autoridades del organismo”.

En este período, con la inversión realizada por la Provincia y la Nación se logró un proceso de recuperación e instalación de nuevos equipos. Se constituyó el primer laboratorio público del país que habilitó la Agencia Nacional de Laboratorios Públicos (ANLAP) para certificar productos genéricos. Además, se ejecutaron 24 proyectos de investigación, orientados a las áreas de salud, alimentos, ambiente y química analítica.