El CEPROCOR coordina tres laboratorios regionales, instalados en las Facultades Regionales de la UTN en Villa María y San Francisco, respectivamente, y en el Servicio Integral de Laboratorio (SIL) en Villa Dolores.

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Los Laboratorios Regionales operan auditados técnicamente por el Ceprocor, de modo que sus resultados están avalados por este Centro.

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Actualmente están habilitados bajo auditoría los análisis de aguas y efluentes (físico químicos y microbiológicos); los análisis microbiológicos de alimentos; el control de  presencia de  trichinella en carne porcina cruda. Otros ensayos se irán agregando a esta lista.

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Los Laboratorios Regionales pueden tomar servicios y derivarlos al laboratorio central del Ceprocor sin cargos adicionales en los costos.