El CEPROCOR coordina tres laboratorios regionales, instalados en las Facultades Regionales de la UTN en Villa María y San Francisco, respectivamente, y en el Servicio Integral de Laboratorio (SIL) en Villa Dolores.
Los Laboratorios Regionales operan auditados técnicamente por el Ceprocor, de modo que sus resultados están avalados por este Centro.
Actualmente están habilitados bajo auditoría los análisis de aguas y efluentes (físico químicos y microbiológicos); los análisis microbiológicos de alimentos; el control de presencia de trichinella en carne porcina cruda. Otros ensayos se irán agregando a esta lista.
Los Laboratorios Regionales pueden tomar servicios y derivarlos al laboratorio central del Ceprocor sin cargos adicionales en los costos.